Navegando por Palavras-chave "Peptidomics"

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    Análise do dimorfismo sexual em venenos da aranha acanthoscurria juruenicola por peptidômica quantitativa
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2018-06-28) Almeida, Erika Sayuri Nishiduka Costa De [UNIFESP]; Tashima, Alexandre Keiji [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/3395922547042342; http://lattes.cnpq.br/9963736748632144; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Os aracnídeos estão entre os grupos de maior sucesso evolutivo da história do planeta, e um dos fatores de maior importância para isso é a produção de um veneno farmacologicamente complexo, composto por uma coleção de proteínas e peptídeos biologicamente ativos e altamente específicos. Apesar dos peptídeos constituírem grande parte da composição dos venenos, estudos peptidômicos ainda são escassos, consequentemente as identidades e atividades biológicas de muitos desses peptídeos permanecem desconhecidas. Além disso, em diversas espécies de aranhas é observado dimorfismo sexual, o que pode ocasionar diferenças nas composições de venenos de machos e fêmeas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar e comparar quantitativamente o perfil peptídico do veneno de espécimes machos e fêmeas da aranha Acanthoscurria juruenicola. Peptídeos nativos foram fracionados por extração em fase sólida e analisados por espectrometria de massas, assim como seus fragmentos gerados pela digestão isolada por 5 enzimas distintas (tripsina, quimotripsina, termolisina, GluC e Aspn). Os dados espectrais foram submetidos a análise de novo, busca em banco de dados de transcriptoma de glândula e sobreposição das clivagens utilizando ferramentas de bioinformática. Dentre 11 sequências maduras de toxinas completamente mapeadas, 8 eram novos peptídeos ricos em cisteínas, apresentando entre 3 a 5 ligações dissulfeto. Buscas em bancos de sequências de A. geniculata e Araneae resultaram em mais 24 proteínas homólogas identificadas. Observamos dimorfismo sexual no veneno: a concentração total de toxinas nos venenos das fêmeas foi aproximadamente 5 vezes superior à dos machos e apresentaram peptídeos com significativa expressão diferencial. Uma das toxinas de maior expressão em fêmeas, a U2TRTXAj1b, de massa molecular 4,9 kDa e 3 ligações dissulfeto, foi fracionada por cromatografia de filtração em gel. Essa toxina apresentou atividade citotóxica contra aproximadamente 44% das células de melanoma da linhagem A375 em ensaios de MTT em concentração de 3,8 μM. Esses resultados podem evidenciar diferenças em toxicidade e comportamento biológico de acordo com o gênero do animal, além de embasar a potencial aplicação biotecnológica desses peptídeos na área farmacológica.
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    Peptidomics of Acanthoscurria gomesiana spider venom reveals new toxins with potential antimicrobial activity
    (Elsevier Science Bv, 2017) Abreu, Thiago F. [UNIFESP]; Sumitomo, Bianca N. [UNIFESP]; Nishiyama, Milton Y., Jr.; Oliveira, Ursula C.; Souza, Gustavo H. M. F.; Kitano, Eduardo S.; Zelanis, Andre [UNIFESP]; Serrano, Solange M. T.; Junqueira-de-Azevedo, Inacio; Silva, Pedro I., Jr.; Tashima, Alexandre K. [UNIFESP]
    Acanthoscurria gomesiana is a Brazilian spider from the Theraphosidae family inhabiting regions of Southeastern Brazil. Potent antimicrobial peptides as gomesin and acanthoscurrin have been discovered from the spider hemolymph in previous works. Spider venoms are also recognized as sources of biologically active peptides, however the venom peptidome of A. gomesiana remained unexplored to date. In this work, a MS-based workflow was applied to the investigation of the spider venom peptidome. Data-independent and data-dependent LC-MS/MS acquisitions of intact peptides and of peptides submitted to multiple enzyme digestions, followed by automated chromatographic alignment, de novo analysis, database and homology searches with manual validations showed that the venom is composed by <165 features, with masses ranging from 0.4-15.8 kDa. From digestions, 135 peptides were identified from 17 proteins, including three new mature peptides: U1-TRTX-Agm1a, U1-TRTX-Agm2a and Ul-TRTX-Agm3a, containing 3, 4 and 3 disulfide bonds, respectively. The toxins U1-TRTX-Agm1a differed by only one amino acid from Ul-TRTX-Apl a from A. paulensis and U1-TRTX-Agm2a was derived from the genicutoxin-D1 precursor from A. geniculata. These toxins have potential applications as antimicrobial agents, as the peptide fraction of A. gomesiana showed activity against Escherichia coli, Enterobacter cloacae and Candida albicans strains. MS data are available via ProteomeXchange Consortium with identifier PXD003884. Biological significance: Biological fluids of the Acanthoscurria gomesiana spider are sources of active molecules, as is the case of antimicrobial peptides and acylpolyamines found in the hemolymphs. The venom is also a potential source of toxins with pharmacological and biotechnological applications. However, to our knowledge no A. gomesiana venom toxin structure has been determined to date. Using a combination of high resolution mass spectrometry, transcriptomics and bioinformatics, we employed a workflow to fully sequence, determine the number of disulfide bonds of mature peptides and we found new potential antimicrobial peptides. This workflow is suitable for complete peptide toxin sequencing when handling limited amount of venom samples and can accelerate the discovery of peptides with potential biotechnological applications. (C) 2016 Elsevier B.V. All rights reserved.
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    Perfil proteolítico de linhagens de glioblastoma multiforme com silenciamento de OIP5 baseado em análise comparativa por peptidômica
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2020-01-30) Froiman, Allan Campos [UNIFESP]; Juliano, Maria Aparecida [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo
    Glioblastoma multiforme (GBM) is one of the most invasive primary intracranial malignant tumors, representing 80% of all primary malignant brain tumors, with less than 2 years survival rate for diagnosed patients in treatment. In this sense, previous studies show interactions between OIP5 (Opa Interacting Protein 5) protein expression in GBM cell lines and an increase in chemotherapeutic adjuvant (lomustine) cytotoxic effects. Hence, this protein is present in tumors and adult germ cells yet rarely seen in other healthy tissue which reinforces the understanding of OIP5 tumoral functions understanding. We investigated a comparative peptidomics of T98GShOIP5 and T98GShCntrl cells through high-resolution mass spectrometry-based peptidomics coupled with PEAKS Studio analysis to cleaved-peptide identification along with its precursor proteins. The used systems biology analyses assisted by Gene Ontology (GO) knowledgebase allowed the construction of network interactions between proteases/substrates in both T98GShOIP5 and T98GShCntrl and highlighted characteristics of enzymes found in Proteasix software complementary with our chemical approach by spectrofluorimetry. The results demonstrate high proteolytic activities of metalloprotease 2 and cathepsins E / L along with interesting cathepsin K and other cathepsins proteinprotease synergies. However, it is not completely known whether OIP5 expression affected these cathepsins interactions. Thus, less unique cleavage proteins taking part in energetic metabolism and a greater cleavage of peptides correlated to both protein regulation and stress situation response pathways were identified in silenced cells. Therefore, OIP5 seems to play a role in drug responses and other lifethreatening situations while GBM cells seems to compensate for the loss by better adjusting energetic resources. New comparative studies could confirm this possibility yet it is possible to reaffirm OIP5 importance as a potential therapeutic target.