Navegando por Palavras-chave "Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos"
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- ItemSomente MetadadadosAplicação do microarray de cDNA para identificação de genes inflamatórios diferencialmente expressos na polipose nasal(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2003) Figueiredo, Claudia Regina [UNIFESP]; Weckx, Luc Louis Maurice [UNIFESP]; Weckx, Luc Louis Maurice [UNIFESP]Objetivo: Identificar genes inflamatorios diferencialmente expressos na polipose nasal nao alergica, pela tecnica do microarray de cDNA. Metodos: Utilizou-se a tecnica do microarray de cDNA para identificar diferencas de expressao para 96 genes inflamatorios entre o polipo e a mucosa nasal adjacente em 21 pacientes portadores de polipose nasal nao alergica. O RNA total foi isolado de cada amostra separadamente e agrupado em quantidades iguais em dois pools (polipo e mucosa nasal adjacente). Preparou-se a sonda de cDNA com 20 gg do RNA total atraves da reacao de transcricao reversa. Realizou-se a hibridacao do CDNA marcado radioativamente com as membranas para cada grupo separadamente. Utilizou-se o RTPCR para a validacao do cDNA apos normalizacao, para os seguintes genes: TNF,IL5,IL9,FIGF e TGF~-1. Resultados: Dos 96 genes estudados, 37 mostraram diferencas de expressao entre o polipo e mucosa adjacente. A expressao dos 37 genes foi maior na mucosa nasal adjacente do que no polipo. O RT-PCR confirmou os resultados do cDNA e mostrou que existe um desequilibrio entre a IL5 e TGF-1 entre o polipo e a mucosa nasal adjacente. Conclusoes: O microarray de cDNA consiste em um metodo eficaz para a identificacao de genes com diferencas de expressao. Existe um desequilibrio da IL5 e do TGF-1 entre o polipo e mucosa nasal adjacente ao polipo. A maior expressao do TGF-1 na mucosa nasal adjacente ao polipo associada a baixa expressao desta citocina no polipo reflete o seu papel protetor no desenvolvimento do polipo
- ItemSomente MetadadadosAvaliacao de desequilibrios genomicos em rearranjos cromossomicos aparentemente equilibrados(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2012) Mancini, Tatiane Iris [UNIFESP]Os rearranjos aparentemente equilibrados em geral estao associados a fenotipo normal. Entretanto, em alguns casos sao verificadas alteracoes fenotipicas, as quais tem sido atribuidas a diferentes mecanismos patogenicos incluindo ruptura intragenica, delecoes, duplicacoes, efeito de posicao ou podendo ser ainda, uma associacao casual. Objetivo: Investigar pacientes portadores de rearranjos aparentemente equilibrados com fenotipo alterado a fim de identificar desequilibrios genomicos, a funcao dos genes presentes nestes e sua correlacao com o fenotipo dos pacientes. Metodos: Estudo de 12 pacientes com alteracoes cromossomicas previamente identificadas por bandamento G, sendo nove translocacoes de novo, duas inversoes herdadas e um rearranjo complexo de novo. Tecnicas citogeneticas e moleculares, incluindo SNP-array, hibridacao in situ por fluorescencia (FISH) e amplificacao de multiplas sondas dependente de ligacao (MLPA), foram utilizadas para investigar e caracterizar desequilibrios genomicos. Resultados: Em tres dos pacientes estudados, foram identificados desequilibrios genomicos, sob resolucao de 200 kb. O estudo citogenetico e molecular revelou que um dos pacientes, encaminhado como sendo portador de uma translocacao equilibrada, apresentava na realidade uma delecao de 24 Mb no braco longo do cromossomo 4 associada a um isodicentrico de Yp. Em uma paciente com translocacao aparentemente equilibrada, entre os cromossomos 6 e 14, foi revelada uma delecao de 1,1 Mb no braco curto do cromossomo 6. Em outra paciente que apresentava um rearranjo complexo, foram verificadas duas delecoes no braco longo do cromossomo 10, uma delas proxima ao ponto de quebra com tamanho de 1 Mb e uma delecao mais distal, de aproximadamente 7 Mb, provavelmente relacionada ao fenotipo. Dois dos pacientes apresentaram desequilibrios genomicos menores do que 200 kb envolvendo genes que podem estar relacionados ao fenotipo. Conclusoes: As tecnologias moleculares, como os arrays, associadas as tecnicas citogeneticas auxiliam na deteccao de desequilibrios genomicos nao visiveis ao microscopio e no delineamento do papel dos genes envolvidos na variabilidade fenotipica em pacientes com rearranjos aparentemente equilibrados. Alem disso, a caracterizacao molecular das alteracoes encontradas fornece subsidios para um seguimento dos pacientes e para o aconselhamento genetico familiar.
- ItemSomente MetadadadosA ulceração aftosa recorrente analisada por microarray de cDNA tem expressão gênica de resposta imune do tipo Th1(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2003) Borra, Ricardo Carneiro [UNIFESP]; Franco, Marcello [UNIFESP]Objetivo: Identificar o padrao de expressao genica da Ulceracao Aftosa Recorrente e classificar o tipo da resposta imune T-Helper a partir da comparacao da expressao genica da -doenca com controle normal, usando a tecnica de microarray de cDNA. Metodos: Vinte e nove pacientes portadores de ulceracao aftosa recorrente (Grupo Teste), com pelo menos uma crise a cada quinze dias, foram submetidos, na fase aguda da doenca, a biopsia da lesao ulcerada. Onze voluntarios saudaveis (Grupo Controle), livres da doenca, foram submetidos a biopsia de mucosa clinicamente normal. O RNA total das amostras foi isolado e dois pools de RNAs, representado os Grupos, foram formados, usando-se quantidades iguais do RNA de cada amostra. A sonda radioativa de cDNA foi preparada a partir de 17 gg do RNA total atraves da reacao de transcricao reversa. As sondas foram hibridadas com as membranas de microarray em duplicata. As imagens dos microarrays hibridados foram obtidas por varredura realizada em scaner a laser. Os alvos de cDNAs, marcados nas membranas, foram localizados e quantificados usando-se sofiware especifico. As normalizacoes dos pares de membranas foram executadas atraves do modelo linear de ajuste local, baseado no metodo de suavizacao conhecido como Lowess. Os genes foram considerados diferencialmente expressos quando o valor da media da diferenca de expressao das membranas, entre Teste e Controle, era maior do 2x e, o valor da media de expressao genita era maior do que o nivel do gene controle negativo da membrana. Para analisar o padrao da resposta imune, foram selecionados, no microarray, genes associados com atividades Th1 (n=36) ou Th2 (n=19) e, as medias da diferenca de expressao desses genes foram comparadas com a dos genes constitutivos (N=13). Resultados: Foram identificados vinte e um genes hiper-expressos e vinte Kipoexpressos no Grupo Teste. O nivel medio de expressao dos genes Th1 no Grupo Teste foi maior (p<0,05) do que no Grupo Controle. Por outro lado, a media dos genes Th2 foi a mesma nos dois Grupos. Conclusoes: O microarray de cDNA permitiu a identificacao dos padroes genitos da Ulceracao Aftosa Recorrente e da mucosa controle e possibilitou classificar a Ulceracao Aftosa Recorrente como doenca Th1