Navegando por Palavras-chave "Análises filogenéticas"

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    Acesso aberto (Open Access)
    Caracterização molecular de um Deltabaculovirus (Baculoviridae) identificado em Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae)
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2015-10-21) Gil, Helio Benites [UNIFESP]; Janini, Luiz Mario Ramos [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/3377634721920974; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Introdução: Os baculovírus são vírus que infectam insetos, causando a poliedrose nuclear. Atualmente são classificados em quatro gêneros: Alfabaculovirus, Betabaculovirus, Gammabaculovirus e Deltabaculovirus. Os mosquitos do gênero Culex são considerados ameaças à saúde pública, pois são vetores de agentes patogênicos ao homem, como o nematoide Wuchereria bancrofti e o vírus do oeste do Nilo, causadores da filariose linfática e da febre do oeste do Nilo, respectivamente. A utilização de baculovirus em programas de controle biológico provou sua eficiência para esse fim, tornando-os uma alternativa promissora ao uso de inseticidas químicos, uma vez que tem alta especificidade e não apresentam riscos conhecidos ao ambiente. Objetivo: Realizar a caracterização molecular de baculovirus encontrados em larvas de Culex quinquefasciatus. Métodos: Larvas foram obtidas através de coletas realizadas em córrego localizado em área urbana, na cidade de Caraguatatuba ? SP, e aquelas apresentando sinais de infecção por baculovirus foram selecionadas durante triagem e preparadas para os procedimentos de biologia molecular. Após extração de DNA, foi realizada a PCR e o sequenciamento com primers específicos para os genes analisados. Foram criados datasets com as sequências obtidas juntamente com sequências referência retiradas do banco de dados GeneBank para cada gene a ser analisado e um dataset para as sequências dos genes concatenadas. Seis topologias foram reconstruídas através da metodologia de máxima verossimilhança. Resultados: Em todas as árvores geradas as amostras analisadas no presente estudo se relacionaram com CuniNPV, única espécie descrita no gênero Deltabaculovirus, porém tal resultado não foi suficiente para resolver sua classificação de espécie. O principal fator limitante para a caracterização das amostras analisadas foi a carência de sequências disponíveis referentes ao gênero Deltabaculovirus. Contudo foi possível observar padrões indicativos de que os genes escolhidos são capazes de gerar topologias informativas a respeito da filogenia do grupo dos baculovirus, inclusive resolvendo clados de forma semelhante a análises feitas a partir de um número maior de genes. Conclusão: Esse estudo demonstrou que os baculovirus encontrados em larvas de Culex quinquefasciatus se classificaram no gênero Deltabaculovirus, e o conjunto de regiões genômicas utilizado definiu os baculovirus analisados em quatro grupos monofiléticos, corroborando com a literatura.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Proposta de uma nova nomenclatura para os genes de resistência plasmidial à fosfomicina do tipo fos e análise retrospectiva da distribuição geográfica desses genes no mundo
    (Universidade Federal de São Paulo, 2023-06-30) Leite, Mariana Isabela [UNIFESP]; Silva, Rodrigo Cayô da [UNIFESP]; Ribeiro, Ághata Cardoso da Silva; http://lattes.cnpq.br/9368429968665962; http://lattes.cnpq.br/5699739668358897; http://lattes.cnpq.br/4518318037007940
    A fosfomicina é um antimicrobiano antigo que, através de pesquisas recentes, tem se mostrado um importante aliado no tratamento de infecções causadas por bactérias multirresistentes (MDR). A resistência à fosfomicina através de enzimas inativadoras se dá, principalmente, por metaloenzimas denominadas Fos. Os genes plasmidiais codificadores dessas enzimas, chamados fos, têm sido reportados em vários países do mundo e em diferentes espécies bacterianas. Entretanto, sua classificação e nomenclatura não seguem um padrão bem estabelecido, o que resulta na dificuldade quando um novo gene fos é reportado. Tendo em vista que a atual classificação e nomenclatura não levam em consideração as identidades nucleotídicas entre os genes fos plasmidiais reportados, a descrição de novos genes ou novas variantes alélicas fica comprometida, assim como a real frequência desses genes nas diferentes regiões geográficas. Além disso, com o aumento do uso de fosfomicina, bem como o de relatos de genes fos pelo mundo, vê-se a necessidade de mapeamento desses determinantes de resistência. Este estudo buscou mapear as variantes do gene fos plasmidiais previamente reportadas em todo o mundo, bem como sugerir uma nova classificação e nomenclatura desses determinantes de resistência, procurando solucionar as inconsistências verificadas no sistema atual. Foram utilizados para a coleta de dados as plataformas GenBank/NCBI e BLASTp. As sequências de genes fos recuperadas foram submetidas a critérios de seleção e exclusão, para posterior alinhamento e análise filogenética, utilizando o programa DNAstar Lasergene MegAling versão 7.0.0 (DNAStar, Madison, EUA). Para tanto, foram coletados dados sobre as variantes de fos previamente reportadas como: fosA1-fosA10 e fosC2; fosB1-fosB9; fosC; fosD; fosE; fosF; fosG; fosH; fosI; fosK; fosL1-fosL2; fosM1-fosM3; e fosX. Ainda, a nova classificação e nomenclatura sugerida neste estudo foi construída com base na identidade nucleotídica apresentada por cada um dos genes fos descritos até o momento. Do total de 980 sequências coletadas, 780 foram selecionadas para a análise filogenética, bem como a avaliação da distribuição dos genes fos plasmidiais globalmente. Dentre todos os genes fos plasmidiais descritos até o momento, os mais frequentes foram fosA3 (47.44%), principalmente no continente asiático, seguido por fosX (8.36%) e fosA7 (8.16%). A grande maioria dos isolados foram descritos na Ásia (61,15%), seguido pela América (21,7%) e Europa (13,6%). Na análise da frequência de genes fos por país, verificamos um predomínio de registros na China (28%) e Japão (18%), além de outros países como EUA (5%), França (4%), Alemanha (4%) e Paquistão (3%) que também estão entre os países com maior número de registros de genes fos no mundo. Ao todo, genes fos já foram descritos em 38 espécies bacterianas diferentes, sendo 22 espécies gram-negativas e 16 espécies grampositivas, com destaque para os gêneros Staphylococcus spp. (n=10 espécies), Pseudomonas spp. (n=5 espécies) e Enterobacter spp. (n=4 espécies). A nova classificação e nomenclatura propostas no presente estudo agrupou os genes fos em 15 famílias (fosAfosP), 25 grupos (fosA1-fosA3, fosB1-fosB2, fosC1, fosD1, fosE1, fosF1-fosF2, fosG1-fosG2, fosH1-fosH2, fosI1-fosI2, fosJ1, fosK1, fosL1-fosL3, fosM1, fosN1, fosO1 e fosP1) e 50 variantes alélicas, das quais 16 são novas. O mapeamento da ocorrência dos genes fos permitiu uma melhor compreensão de sua distribuição mundial, assim como a detecção de áreas de maior frequência, denominados “hotspots” para o surgimento e disseminação desses determinantes de resistência à fosfomicina. Da mesma maneira, a nova classificação e nomenclatura sugeridas permitiu a organização dos genes fos, corrigindo inconsistências importantes.