Navegando por Palavras-chave "Replicação viral"
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- ItemEmbargoAnálise da distribuição das alterações mutacionais do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em ciclo único de infecção in vitro(Universidade Federal de São Paulo, 2024-03-06) Furuyama, Taimá Naomi [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP]; Carvalho, Isabel Maria Vicente Guedes de [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4503426222486154; http://lattes.cnpq.br/7267507565320007; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/7671794041127239Objetivo: Propor a definição de taxas mutacionais como uma distribuição de valores e investigar as propriedades dessa distribuição. Métodos: Este trabalho foi suportado por dados in vitro de infecções celulares em ciclo único de replicação de HIV-1, publicados previamente. A análise de dados é suportada pela probabilidade de ocorrência de substituições dentro de uma abordagem bayesiana com distribuições de Dirichlet. Utilizando-se de técnicas estatísticas, as informações do experimento in vitro foram analisadas como uma distribuição de probabilidades de taxas mutacionais (e não como um único valor médio). Foram considerados a variabilidade e o comportamento dos dados para tornar possível a verificação da dinâmica populacional de vírus RNA, no caso do HIV-1. Resultados: Os dados obtidos indicam que as probabilidades de ocorrência de mutações ao longo das distribuições variam de ~6,34×10^(-5) a ~5,96×10^(-3) substituições por sítio por ciclo de replicação, em média. Este resultado inicial é concordante com as taxas mutacionais do HIV-1 descritas previamente na literatura, variando de 10^(-5) a 10^(-3) alterações de base por sítio por ciclo de replicação. Também foi verificado se existiria uma diferenciação nos dados conforme o gene analisado. As taxas ao longo dos genes foram mantidas com as mesmas ordens de grandeza, apresentando uma amplitude de valor mínimo médio de 6,37×10^(-5) (env) a 9,13×10^(-5) (tat) e de valor máximo médio de 4,81×10^(-3) (vpu) a 5,90×10^(-3) (pol). A metodologia foi aplicada para fragmentos de sequência cada vez menores e a informação foi mantida consistente a uma leitura de até 200nt. Conclusão: As informações comparáveis na literatura encontram-se dentro do intervalo da distribuição de taxas mutacionais observado neste trabalho. Assim, a metodologia poderia ser empregada e apresentar mais informações em relação às taxas mutacionais, seja para vírus RNA ou para outras análises genômicas.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Análise da replicação viral das variantes de SARS-CoV-2 mediante tratamento com oligonucleotídeos específicos para transcription regulatory sequences (TRS)(Universidade Federal de São Paulo, 2023-12-13) Silva, Gabrielly Alves Rodrigues da [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Andreata-Santos, Robert; http://lattes.cnpq.br/9881017974564599; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/6646125664118378Em 2019, houve o surgimento de uma pandemia de origem zoonótica, cujo agente causador é um coronavírus altamente patogênico e transmissível, o SARS-CoV-2, que se alastrou pelo mundo e gerou impactos na saúde pública e na economia global. Ao longo da pandemia, eclodiram diversas variações genéticas do vírus original, o que é preocupante pois pode afetar a transmissibilidade, virulência e taxa de reinfecção, escapando da imunidade natural e da induzida por vacinas. Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), até então em 2023, foram notificados cerca de 772 milhões de casos confirmados de COVID-19 e 6,9 milhões de mortes. Em 05 de maio de 2023, devido às perspectivas positivas em relação à doença, a OMS declarou o fim da Emergência de Saúde Pública de Importância Internacional (ESPII) concernente à COVID-19. Esse fato, por sua vez, não exime a necessidade de estudos na área haja vista que a doença continua sendo uma ameaça à saúde e sua propagação segue classificada como uma pandemia. Atualmente, sabe-se que o genoma do SARS-CoV-2 é composto por um RNA de polaridade positiva, organizado em duas regiões UTR, nas extremidades 5’ e 3’, com 14 quadros de leitura abertos (ORFs) antecedidos por transcription regulatory sequences (TRSs). O ciclo de replicação viral, por sua vez, ocorre por meio da síntese contínua e descontínua de RNA, sendo a última o foco do presente projeto. Na síntese descontínua do RNA há a produção de RNAs subgenômicos (RNAsgs), que codificam proteínas estruturais. Durante esse processo, a interação entre o complexo de transcrição e as regiões TRSs promove a regulação da produção dos RNAs subgenômicos. Desse modo, o silenciamento gênico de regiões específicas das TRSs visa a interferência na transcrição dos RNAsgs, com consequente redução ou ausência da síntese das proteínas estruturais e acessórias necessárias para replicação viral. Nesse contexto, o presente projeto teve como objetivo interferir no ciclo viral por meio do tratamento com oligonucleotídeos para regiões TRSs de SARS-CoV-2. Para isso, foram conduzidos ensaios de viabilidade celular, além dos experimentos de infecção viral e tratamento com posterior quantificação da carga viral via titulação viral e técnica de RT-qPCR. Foram utilizados 3 oligonucleotídeos e 1 scramble, todos possuindo mesma região alvo diferindo apenas em tamanho, com exceção do último que configura um controle. A oligoterapia foi efetuada após infecções de células Vero E6, pelos isolados virais de Wuhan, Delta e Ômicron num MOI de 0,05 nas concentrações de 250 nM e 500 nM e em 2 horas pós-inoculação. Após estes tempos houve as coletas do sobrenadante para análise (hpi 24h e 48h). Os oligonucleotídeos testados não diminuíram a viabilidade celular do modelo experimental utilizado nas mais diversas concentrações (desde 15,62 nM até 1.000 nM). Os ensaios realizados evidenciaram atividade antiviral de todos os oligonucleotídeos, com reduções tanto dos títulos virais quanto do número de cópias de genoma livre. O oligonucleotídeo OAS1 na concentração de 250 nM após 24h foi a condição de tratamento que apresentou maior redução do número de partículas virais viáveis. Em relação à resposta das variantes, tivemos atividade antiviral dos oligonucleotídeos para Wuhan, Delta e Ômicron, destacando o OAS1 na concentração de 250 nM, porém para Ômicron o tratamento a 500 nM foi mais efetivo. Nos ensaios moleculares, todos os oligonucleotídeos utilizados evidenciaram reduções no número de cópias de genoma livre viral. Para ambas as técnicas de quantificação aqui utilizadas, a oligoterapia após 24 horas mostrou-se mais efetiva na redução de carga viral quando comparada à de 48 horas. Quando compilados, consideramos que nossos resultados são importantes e indicam que as TRSs podem ser objetos de estudos valiosos, não só em relação a possíveis tratamentos, mas também em relação à biologia viral.
- ItemSomente MetadadadosLocalização da replicação de rinovírus in vitro por hibridização in situ(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 1991) Arruda Neto, Eurico de [UNIFESP]; Castelo Filho, Adauto [UNIFESP]