Navegando por Palavras-chave "Taxa de mutação"

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    Análise da distribuição das alterações mutacionais do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em ciclo único de infecção in vitro
    (Universidade Federal de São Paulo, 2024-03-06) Furuyama, Taimá Naomi [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP]; Carvalho, Isabel Maria Vicente Guedes de [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4503426222486154; http://lattes.cnpq.br/7267507565320007; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/7671794041127239
    Objetivo: Propor a definição de taxas mutacionais como uma distribuição de valores e investigar as propriedades dessa distribuição. Métodos: Este trabalho foi suportado por dados in vitro de infecções celulares em ciclo único de replicação de HIV-1, publicados previamente. A análise de dados é suportada pela probabilidade de ocorrência de substituições dentro de uma abordagem bayesiana com distribuições de Dirichlet. Utilizando-se de técnicas estatísticas, as informações do experimento in vitro foram analisadas como uma distribuição de probabilidades de taxas mutacionais (e não como um único valor médio). Foram considerados a variabilidade e o comportamento dos dados para tornar possível a verificação da dinâmica populacional de vírus RNA, no caso do HIV-1. Resultados: Os dados obtidos indicam que as probabilidades de ocorrência de mutações ao longo das distribuições variam de ~6,34×10^(-5) a ~5,96×10^(-3) substituições por sítio por ciclo de replicação, em média. Este resultado inicial é concordante com as taxas mutacionais do HIV-1 descritas previamente na literatura, variando de 10^(-5) a 10^(-3) alterações de base por sítio por ciclo de replicação. Também foi verificado se existiria uma diferenciação nos dados conforme o gene analisado. As taxas ao longo dos genes foram mantidas com as mesmas ordens de grandeza, apresentando uma amplitude de valor mínimo médio de 6,37×10^(-5) (env) a 9,13×10^(-5) (tat) e de valor máximo médio de 4,81×10^(-3) (vpu) a 5,90×10^(-3) (pol). A metodologia foi aplicada para fragmentos de sequência cada vez menores e a informação foi mantida consistente a uma leitura de até 200nt. Conclusão: As informações comparáveis na literatura encontram-se dentro do intervalo da distribuição de taxas mutacionais observado neste trabalho. Assim, a metodologia poderia ser empregada e apresentar mais informações em relação às taxas mutacionais, seja para vírus RNA ou para outras análises genômicas.