Testes moleculares in-house para detecção de bactérias e genes de resistência aos antimicrobianos direto de frascos de hemoculturas

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dc.contributor.advisorPignatari, Antonio Carlos Campos [UNIFESP]
dc.contributor.advisorLatteshttp://lattes.cnpq.br/9461346610553865
dc.contributor.authorQuiles, Milene Goncalves [UNIFESP]
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/3344199283268794
dc.contributor.institutionUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)pt_BR
dc.coverage.spatialSão Paulo
dc.date.accessioned2019-06-19T14:58:20Z
dc.date.available2019-06-19T14:58:20Z
dc.date.issued2017-03-14
dc.description.abstractABSTRACT Bloodstream infections (BSI) are important causes of morbidity and mortality. Recent studies described rates higher than 500,000 BSI episodes per year with more than 79,000 deaths annually. Molecular methods become increasingly frequent in clinical laboratories. The implantation of these methods in laboratory routine allows great sensitivity and speed in the results, collaborating for the therapeutic conduct of these infections. In order to validate the combined use of MALDI-TOF MS and in-house real-time PCR techniques for the rapid diagnosis of BSIs, we developed three studies: Study 1: This is a overview of commercial molecular tests and platforms available for the diagnosis of BSI, as well the clinical impact described when using these new technologies. Study 2: The purpose of this study was to validate a molecular protocol to identify bacteria and resistance genes in 166 positive blood cultures from 139 patients admitted to three different hospitals and to compare the results with those obtained from routine phenotypic methods. There was overall agreement for genius identification in 95.4% and at species level in 81.8% of the samples. In Enterobacteriaceae, the detection of carbapenem-resistance was concordant in 95.5% and cephalosporins (ESBL profile) in 87.5%. Among non-fermentative rods, there was agreement in 80% in the detection of carbapenem-resistance. For Gram positive, the methods agreed on 100% for the detection of vancomycin-resistance in enterococci and 77.1% for methicillin-resistance in staphylococci. Study 3: This study aimed to determine the intra-laboratory time required to identify pathogens and resistance genes in 113 episodes of ICS which molecular results were conclusive, as well as the evaluation of the antimicrobial adequacy in these episodes after the immediate communication of the results to phisycians from three participating centers. The mean untecipation time for results was 35 hours from traditional blood culture. Antimicrobial therapeutic modification occurred in 25 episodes, in which 16 were escalate and 10 de-escalate agents. In these cases, the antibiotics were adequate in 22 and inadequate in 3 which molecular results were discordants of the phenotypic. The major modifications occurred in Gram negative microorganisms, with the prescription of carbapenems in six episodes and polymyxin B in three. Conclusion: The molecular protocol proved to be in good agreement with conventional routine tests. In addition, the protocol provided a rapid result, considerably anticipating the time to antimicrobial therapeutic adequacy of the BSIs episodes.en
dc.description.abstractRESUMO Infecções de corrente sanguínea (ICS) são importantes causas de morbimortalidade tanto no Brasil como no mundo. Estudos recentes evidenciam índices superiores a 500.000 episódios de ICS por ano com mais de 79.000 mortes anualmente. Métodos de biologia molecular e proteômica tornam-se cada vez mais frequentes em laboratórios clínicos. A implantação desses métodos na rotina laboratorial possibilita maior sensibilidade e rapidez nos resultados, colaborando para a conduta terapêutica dessas infecções. Com o objetivo de validar as técnicas de MALDI-TOF MS e PCR em tempo real in-house utilizadas em conjunto e sequenciais para diagnóstico rápido de infecções de corrente sanguínea desenvolvemos três estudos: Estudo 1: Trata-se de uma revisão sobre os testes moleculares e plataformas comerciais e em pesquisa disponíveis para diagnóstico de ICS, bem como uma descrição de estudos que avaliam o impacto clínico da utilização dessas novas tecnologias em laboratórios clínicos. Estudo 2: O objetivo desse estudo foi realizar a validação e aplicação do protocolo molecular para identificação de bactérias e genes de resistência em 166 hemoculturas positivas de 139 pacientes admitidos em três diferentes centros em São Paulo e a comparação desses resultados com aqueles provenientes de métodos fenotípicos de rotina. Houve concordância geral para identificação de gênero bacteriano em 95.4% e para espécies em 81.8% das amostras. Em enterobactérias, a detecção de resistência aos carbapenêmicos foi concordante em 95.5% e às cefalosporinas (perfil ESBL) em 87.5%. Entre os não-fermentadores, houve concordância em 80% na detecção de perfil de resistência aos carbapenêmicos. Já entre os Gram positivos, os métodos concordaram em 100% para detecção de resistência a vancomicina em enterococos e 77.1% para detecção de resistência a meticilina em estafilococos. Estudo 3: Este estudo teve como objetivo a determinação do tempo intra-laboratorial necessário para identificação de patógenos e genes de resistência em 113 episódios de ICS cujo resultado molecular e foram conclusivos, bem como a avaliação adequação terapêutica desses episódios após a comunicação imediata dos resultados aos médicos especialistas de três centros participantes. O tempo médio de ntecipação de resultado, em comparação à hemocultura tradicional foi de 35 horas. Houve modificação terapêutica em 25 episódios, dos quais 16 escalonamentos e 10 desclonamentos de agentes antimicrobianos. Desses, a conduta terapêutica foi adequada em 22 e inadequada em 3 cujo resultado molecular foi discordante do fenotípico. As maiores modificações ocorreram em microrganismos Gram negativos, com a indicação de agentes carbapenêmicos em seis episódios e de polimixina B em três. Conclusão: O protocolo molecular desenvolvido provou apresentar boa concordância com os testes convencionais de rotina. Além disso, o protocolo forneceu resultado rápido, antecipando consideravelmente o tempo para a adequação terapêutica dos episódios de ICS avaliados.pt_BR
dc.description.sourceDados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2017)
dc.format.extent105 f.
dc.identifierhttps://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=4996411pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.unifesp.br/handle/11600/50734
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectBloodstream infectionen
dc.subjectMolecular diagnosisen
dc.subjectStewardshipen
dc.subjectMolecular panelsen
dc.subjectPolymerization chain reactionen
dc.subjectBacteremiapt_BR
dc.subjectInfecções de corrente sanguíneapt_BR
dc.subjectHemoculturapt_BR
dc.subjectDiagnóstico molecularpt_BR
dc.subjectMaldi-TOF MSpt_BR
dc.subjectReação em cadeia da polimerasept_BR
dc.subjectResistência bacterianapt_BR
dc.titleTestes moleculares in-house para detecção de bactérias e genes de resistência aos antimicrobianos direto de frascos de hemoculturaspt_BR
dc.title.alternativeInhouse molecular tests for the detection of bacteria and antimicrobial resistance genes directly from positive bloodculture bottlesen
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis
unifesp.campusEscola Paulista de Medicina (EPM)pt_BR
unifesp.graduateProgramInfectologiapt_BR
unifesp.knowledgeAreaDoencas Infecciosas e Parasitariaspt_BR
unifesp.researchAreaReconhecimento de Fatores de Risco e Otimização de Estratégias de Controle em Doenças Infecciosaspt_BR
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