Análise da distribuição das alterações mutacionais do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em ciclo único de infecção in vitro
| dc.contributor.advisor | Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP] | |
| dc.contributor.advisor-co | Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP] | |
| dc.contributor.advisor-co | Carvalho, Isabel Maria Vicente Guedes de [UNIFESP] | |
| dc.contributor.advisor-coLattes | http://lattes.cnpq.br/4503426222486154 | |
| dc.contributor.advisor-coLattes | http://lattes.cnpq.br/7267507565320007 | |
| dc.contributor.advisorLattes | http://lattes.cnpq.br/5713863164263481 | |
| dc.contributor.author | Furuyama, Taimá Naomi [UNIFESP] | |
| dc.contributor.authorLattes | http://lattes.cnpq.br/7671794041127239 | |
| dc.coverage.spatial | São Paulo | |
| dc.date.accessioned | 2024-04-08T16:00:53Z | |
| dc.date.available | 2024-04-08T16:00:53Z | |
| dc.date.issued | 2024-03-06 | |
| dc.description.abstract | Objetivo: Propor a definição de taxas mutacionais como uma distribuição de valores e investigar as propriedades dessa distribuição. Métodos: Este trabalho foi suportado por dados in vitro de infecções celulares em ciclo único de replicação de HIV-1, publicados previamente. A análise de dados é suportada pela probabilidade de ocorrência de substituições dentro de uma abordagem bayesiana com distribuições de Dirichlet. Utilizando-se de técnicas estatísticas, as informações do experimento in vitro foram analisadas como uma distribuição de probabilidades de taxas mutacionais (e não como um único valor médio). Foram considerados a variabilidade e o comportamento dos dados para tornar possível a verificação da dinâmica populacional de vírus RNA, no caso do HIV-1. Resultados: Os dados obtidos indicam que as probabilidades de ocorrência de mutações ao longo das distribuições variam de ~6,34×10^(-5) a ~5,96×10^(-3) substituições por sítio por ciclo de replicação, em média. Este resultado inicial é concordante com as taxas mutacionais do HIV-1 descritas previamente na literatura, variando de 10^(-5) a 10^(-3) alterações de base por sítio por ciclo de replicação. Também foi verificado se existiria uma diferenciação nos dados conforme o gene analisado. As taxas ao longo dos genes foram mantidas com as mesmas ordens de grandeza, apresentando uma amplitude de valor mínimo médio de 6,37×10^(-5) (env) a 9,13×10^(-5) (tat) e de valor máximo médio de 4,81×10^(-3) (vpu) a 5,90×10^(-3) (pol). A metodologia foi aplicada para fragmentos de sequência cada vez menores e a informação foi mantida consistente a uma leitura de até 200nt. Conclusão: As informações comparáveis na literatura encontram-se dentro do intervalo da distribuição de taxas mutacionais observado neste trabalho. Assim, a metodologia poderia ser empregada e apresentar mais informações em relação às taxas mutacionais, seja para vírus RNA ou para outras análises genômicas. | pt_BR |
| dc.description.abstract | Objective: To propose the definition of mutational rates as a distribution of values and to investigate the properties of this distribution. Methods: This work is supported by in vitro data from cellular infections with HIV-1 in a single replication round, previously published. Data analysis is supported by the probability of occurrence of substitutions with a Bayesian approach and Dirichlet distributions. Thus, employing statistical techniques, the information from the in vitro experiment was analyzed as a probability distribution of mutational rates (and not as a single mean value). This enables to consider the variability of the data and hence it is possible to infer the virus population dynamics, in the case of HIV-1. Results: The obtained data shows that the probability of mutations occurrence among distributions range, on average, from ~6.34×10^(-5) to ~5.96×10^(-3) substitutions per site per replication cycle. This initial result is consistent with the HIV-1 mutational rates previously described in the literature, which varies from 10^(-5) to 10^(-3) substitutions per site per replication cycle. It was also verified if there would be a different pattern behavior in the data according to the fragment size or the analyzed gene. The rates across the genes preserved the same orders of magnitude, with a minimum mean value ranging from 6.37×10^(-5) (env) to 9.13×10^(-5) (tat) and a mean maximum value from 4.81×10^(-3) (vpu) to 5.90×10^(-3) (pol). The methodology was applied to smaller sequence fragments and the information was consistent at a read length of up to 200nt. Conclusions: Data available in the literature are consistent and within the distribution range presented in this work. Accordingly, this methodology is a sufficient candidate to be applied and present more information regarding mutation rates, whether for RNA viruses or other genomic analyzes. | en |
| dc.description.sponsorship | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | |
| dc.description.sponsorshipID | 140399/2020-8 | |
| dc.emailadvisor.custom | janini@unifesp.br | |
| dc.format.extent | 169 f. | |
| dc.identifier.citation | FURUYAMA, Taimá Naomi. Análise da distribuição das alterações mutacionais do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV1) em ciclo único de infecção in vitro. 2024. 169 f. Tese (Doutorado em Infectologia) – Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo. 2024. | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/11600/70969 | |
| dc.language | por | |
| dc.publisher | Universidade Federal de São Paulo | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess | |
| dc.subject | Vírus RNA | pt_BR |
| dc.subject | Taxa de mutação | pt_BR |
| dc.subject | Replicação viral | pt_BR |
| dc.subject | Distribuição normal | pt_BR |
| dc.subject | Estimativa bayesiana | pt_BR |
| dc.title | Análise da distribuição das alterações mutacionais do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em ciclo único de infecção in vitro | pt_BR |
| dc.title.alternative | Analysis of the distribution of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) mutations from a single-cycle replication assay | en |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis | |
| unifesp.campus | Escola Paulista de Medicina (EPM) | |
| unifesp.graduateProgram | Infectologia |