Delineamento de um banco de primers para genotipagem e avaliação do estado físico do vírus do papiloma humano(HPV)em lesões escamosas intraepiteliais cervicas
Data
2009-03-25
Autores
Pessoa, Felipe Barbosa 
Orientadores
Lindsey, Charles Julian
Tipo
Dissertação de mestrado
Título da Revista
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Título de Volume
Resumo
The biological diversity of human papilloma virus (HPV) reflected by the diverse genetic structure of uncountable Papovaviridae viral types and a complex biological cycle, with loss of genomic encoding regions when integrating to host cell genome, poses serious challanges to identification of viral types as to the study of gene structure and pathogenic potential relationships. Hence, we chose to produce a primer bank consisting of the genomic regions pertaining to not only the better studied viral types as HPV 16 and 18 but to as many possible others, including leser studued types as HPV 33, 35 or 52. The latter retain significant biological and clinical relevance to HPV 16. Yet, to the present diagnostic methods are a limiting factor of HPV research. Presently the most promisimng options are the genotyping kits that rely on multiplex amplification reactions with generic primers and subsequent fragment hibridizing with sequence specific DNA probes. However genotyping, as is nowerdays, may be insuficient for epidemiological, prophilatic or even medical reaearch purposes. However, the most signnificant limitation of present day genotyping is that HPV genome gene prospecting is limited to a reduced portion of the known viral types, ignoring all other HPV types irrespective of their oncogenic potential. Further more, identification of gene expression for gene structure and pathogenicity studues is not an option with the latter approach. Hence, the present proposal for HPV prevalence and host genome studies hinges on 2 approaches. One aims at producing a primer bank for identifying individual HPV genomes, gene and gene product expression for the widest range of virus types possible, while the other aims at the conception of generic primers sets that in combination with the selective primers may yield an effective system for HPV prevalence in given populations as well as the possibility of fathoming oncogenic activity in infected patients. The development of diagnostic kits with expanded sensitivity matching the diversity of the Papovaviridae family members associated to feminine genital tract oncology would be welcomed by the clinical and scientific establishment.
A grande diversidade biológica do vírus do papiloma humano (HPV) refletida nas diversidades de estrutura genética dos tipos virais da familia Papovaviridae, associada à perda de regiões gênicas na integração do vírus à cromatina hospedeira, se opõe às estratégias de identificação dos diversos tipos virais também como ao estudo da relação estrutura/patogenicidade. Portanto, decidimos pesquisar os vírus mais relatados na literatura como o HPV 16 e 18, mas também houve a preocupação com outros tipos de HPVs pouco pesquisados até então, como por exemplo, os HPVs tipo 33, 35 e 52, os quais apresentam uma similaridade biológica e médica com HPV-16. Ainda sim, as metodologias utilizadas atualmente são limitantes haja visto a complexidade da biologia e multiplicidade dos tipos virais. Os “kits” de genotipagem são as melhores propostas a identificação dos tipos virais tanto para medidas profiláticas, terapêuticas como para estudos epidemiológicos atualmente disponíveis no mercado. Estes empregam a amplificação gênica com combinção de primers genéricos e subsequente hibridação dos fragmentos a sondas específicas pertinentes ao genoma dos tipos virais identificados. Não obstante, a maior limitação destes seria o fato da prospecção ser limitada aos poucos tipos virais testados, ficando alijados da prospecção todos os outros tipos de HPV de eventual potencial oncogênico. Portanto, a proposta deste grupo de pesquisa para abordagem desta temática teria duas vertentes. A primeira, na qual se insere a presente Dissetação, almeja projetar e avaliar a eficácia dos pares de primers para a identificação de um grande número de tipos virais. A segunda vertente direciona-se à concepção de conjuntos de primers genéricos que abranjam o maior número de tipos virais possível. A aplicação das duas abordagens e a hierarquização correta dos ensaios poderão, afortunadamente, levar a um método eficaz na prospecção de tipos virais do HPV prevalentes nas populações de interesse e ao desenvolvimento de “kits”, sensíveis a uma maior diversidade destes agentes associados à oncologia do aparelho genital feminino
A grande diversidade biológica do vírus do papiloma humano (HPV) refletida nas diversidades de estrutura genética dos tipos virais da familia Papovaviridae, associada à perda de regiões gênicas na integração do vírus à cromatina hospedeira, se opõe às estratégias de identificação dos diversos tipos virais também como ao estudo da relação estrutura/patogenicidade. Portanto, decidimos pesquisar os vírus mais relatados na literatura como o HPV 16 e 18, mas também houve a preocupação com outros tipos de HPVs pouco pesquisados até então, como por exemplo, os HPVs tipo 33, 35 e 52, os quais apresentam uma similaridade biológica e médica com HPV-16. Ainda sim, as metodologias utilizadas atualmente são limitantes haja visto a complexidade da biologia e multiplicidade dos tipos virais. Os “kits” de genotipagem são as melhores propostas a identificação dos tipos virais tanto para medidas profiláticas, terapêuticas como para estudos epidemiológicos atualmente disponíveis no mercado. Estes empregam a amplificação gênica com combinção de primers genéricos e subsequente hibridação dos fragmentos a sondas específicas pertinentes ao genoma dos tipos virais identificados. Não obstante, a maior limitação destes seria o fato da prospecção ser limitada aos poucos tipos virais testados, ficando alijados da prospecção todos os outros tipos de HPV de eventual potencial oncogênico. Portanto, a proposta deste grupo de pesquisa para abordagem desta temática teria duas vertentes. A primeira, na qual se insere a presente Dissetação, almeja projetar e avaliar a eficácia dos pares de primers para a identificação de um grande número de tipos virais. A segunda vertente direciona-se à concepção de conjuntos de primers genéricos que abranjam o maior número de tipos virais possível. A aplicação das duas abordagens e a hierarquização correta dos ensaios poderão, afortunadamente, levar a um método eficaz na prospecção de tipos virais do HPV prevalentes nas populações de interesse e ao desenvolvimento de “kits”, sensíveis a uma maior diversidade destes agentes associados à oncologia do aparelho genital feminino
Descrição
Citação
PESSOA, Felipe Barbosa. Delineamento de um banco de primers para genotipagem e avaliação do estado físico do vírus do papiloma humano(HPV)em lesões escamosas intraepiteliais cervicas. 2009. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2009.