Detecção de resistência a antimicrobiano em amostras de vigilância de doentes renais crônicos: comparação de métodos fenotípicos e moleculares
| dc.contributor.advisor | Pignatari, Antonio Carlos Campos [UNIFESP] | pt_BR |
| dc.contributor.advisorLattes | http://lattes.cnpq.br/9461346610553865 | pt_BR |
| dc.contributor.author | Rezende, Thais Freitas Teles [UNIFESP] | |
| dc.contributor.authorLattes | http://lattes.cnpq.br/4149593220799749 | pt_BR |
| dc.contributor.institution | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) | pt_BR |
| dc.coverage.spatial | São Paulo | pt_BR |
| dc.date.accessioned | 2018-07-30T11:53:55Z | |
| dc.date.available | 2018-07-30T11:53:55Z | |
| dc.date.issued | 2016-04-29 | |
| dc.description.abstract | Background: Multidrug resistant (MDR) bacteria colonization is a serious health care problem that improves the risk for infection and contribute for dissemination of antimicrobial resistance in health care associated environments. Among chronic renal failure patients, where the risk for acquisition and dissemination of these resistant bacteria are higher, surveillance culture is recommended as a component of infection control programs Objective: The aim of this study is to compare the performance of phenotypic methods for surveillance of MDR bacteria with real time PCR (qPCR) in large population of chronic renal failure patients. Methods: We included a total of 546 CRFP from a tertiary and University center specialized in chronic renal failure care. These patients were divided in 3 groups: conservative treatment (129), patients under dialysis (217) and transplanted patients (200). We collected nasal swabs for MRSA detection and rectal swabs for carbapenemase and VRE detection, in two different moments; total of 1092 samples (ESwabTM). For phenotypic screening we used the CHROMagar for KPC, MRSA and VRE. For the molecular analysis we used the qPCR for detection of the genes: blaKPC, blaNDM, blaSPM, blaGES, blaVIM, blaOXA48, vanA, mecA and aur (S. aureus identification). Conventional PCR were also performed when necessary. Results: Among the 1,092 samples we found 13.8% of KPC positives according to chromogenic agar (AC). Only 26 were confirmed as KPC positive according conventional PCR. On the other hand, according to qPCR direct from swab were 31 (2,8%) positives to KPC, 39 (3,6%) for GES and 3 (0,3%) for SPM with a concordance index Kappa of 0,256. For VRE the AC was positive in XXX 16 (1,5%) of the patients and the qPCR positive in 20 (1,8%) of the patients, Kappa 0,135. For MRSA we tested only 298 samples, and we observed 4 (1,3%) of positivity with AC and 15 (5%) according to qPCR. Conclusions: We observed for carbapenemase an increased rate of false positives results using AC (than qPCR) with a low agreement between methods. For VRE we observed a better sensitivity using the AC once qPCR could not detect confirmed strains of VRE. However, for MRSA the molecular method had better performance. We conclude that among this high-risk population molecular methods had better results than the culture for carbapenemases detection and MRSA. Besides, it can provide results faster than cultures allowing the early implementation of control and prevention measures to reduce the dissemination of MDR bacteria among patients and health care environment. | en |
| dc.description.abstract | Introdução: Colonização por bactérias Multirresistente (MDR) é um problema sério de saúde pública, pois aumenta o risco de infecção e contribui para a disseminação da resistência antimicrobiana em ambientes associados aos cuidados de saúde. Entre os pacientes renais crônicos o risco para aquisição e disseminação destas bactérias resistentes são mais elevados e a cultura de vigilância é recomendada como um componente de programas de controle de infecção. Objetivo: O objetivo deste estudo foi comparar o desempenho de métodos fenotípicos para a vigilância de bactérias MDR com o método molecular de PCR em tempo real (qPCR) em uma população de doentes renais crônicos (DRC). Material e Métodos: Foram incluídos um total de 546 DRC a partir de um centro terciário especializado em cuidados de insuficiência renal crônica. Esses pacientes foram divididos em 3 grupos: tratamento conservador (129), pacientes em diálise (217) e pacientes transplantados (200). Foram coletados swabs nasais para detecção de MRSA e swab retal para detecção de bactérias produtoras de carbapenemases e VRE. As coletas foram realizadas em dois momentos diferentes; totalizando 1.092 amostras (ESwabTM) de vigilância no estudo. Para triagem fenotípica foi utilizado o CHROMagar para KPC, MRSA e VRE. Para a análise molecular foi utilizado o qPCR para a detecção dos genes: blaKPC, blaNDM, blaSPM, blaGES, blaVIM, blaOXA48, vanA, mecA e aur (identificação S. aureus). O PCR convencional foi realizado sempre quando os meios de cultura cromogênicos apresentaram crescimento de colônias. Resultados: Entre as 1.092 amostras encontramos 13,8% positivas XXVIII para KPC de acordo com ágar cromogênico (AC), e apenas 26 foram confirmadas como KPC positivas de acordo com PCR convencional. Por outro lado, de acordo com qPCR direto do swab foram 31 (2,8%) positivos para KPC, 39 (3,6%) para GES e 3 (0,3%) para SPM com um índice de concordância Kappa de 0,256. Para VRE o AC foi positivo em 16 (1,5%) dos pacientes e o qPCR positivo em 19 (1,8%) , Kappa de 0,135. Para MRSA testamos apenas 298 amostras, e observou-se 4 (0,4%) de positividade com AC e 15 (5%) por qPCR. Conclusões: Observamos uma taxa elevada de resultados falsos positivos usando o AC para detecção de carbapenemase comparado com qPCR, com uma baixa concordância entre os métodos. Para VRE observamos uma melhor sensibilidade usando o AC uma vez que o qPCR não conseguiu detectar cepas de VRE confirmadas. No entanto, para MRSA o método molecular apresentou melhor desempenho. Conclui-se que para esta população de alto risco os métodos moleculares tiveram melhores resultados do que a cultura para detecção de carbapenemases e MRSA. Além disso, ele pode fornecer resultados mais rápidos do que as culturas possibilitando a rápida implementação de medidas de controle de infecção para reduzir a disseminação de bactérias MDR entre os pacientes | pt_BR |
| dc.description.source | Dados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2013 a 2016) | |
| dc.format.extent | 253 f. | pt_BR |
| dc.identifier | https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=3607893 | pt_BR |
| dc.identifier.citation | REZENDE, Thais Freitas Teles. Detecção de resistência a antimicrobiano em amostras de vigilância de doentes renais crônicos: comparação de métodos fenotípicos e moleculares. 2016. 253 f. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2016. | |
| dc.identifier.file | 2016-0482.pdf | |
| dc.identifier.uri | http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/49032 | |
| dc.language.iso | por | |
| dc.publisher | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | |
| dc.subject | Vigilância | pt_BR |
| dc.subject | Doentes renais crônicos | pt_BR |
| dc.subject | Multirresistente | pt_BR |
| dc.subject | PCR em tempo real | pt_BR |
| dc.title | Detecção de resistência a antimicrobiano em amostras de vigilância de doentes renais crônicos: comparação de métodos fenotípicos e moleculares | pt_BR |
| dc.title.alternative | Detection of resistance to antimicrobials surveillance samples in patients renal chronic: comparison of phenotypic and molecular methods | en |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | |
| unifesp.campus | São Paulo, Escola Paulista de Medicina (EPM) | pt_BR |
| unifesp.graduateProgram | Infectologia | pt_BR |
| unifesp.knowledgeArea | Ciências da saúde | pt_BR |
| unifesp.researchArea | Medicina | pt_BR |
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