Navegando por Palavras-chave "AFLP"

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    Análise da diversidade genética em agentes da aspergilose usando marcadores AFLP (Amplified fragment length polymorphism) e microssatélites
    (Universidade Federal de São Paulo, 2024-04-29) Lopez, Úrsula dos Santos [UNIFESP]; Rodrigues, Anderson Messias [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4150370898980718; http://lattes.cnpq.br/6676178525777239
    Os fungos saprófitos do gênero Aspergillus são amplamente encontrados no ambiente. Embora a inalação diária de esporos seja natural e inofensiva para indivíduos saudáveis, pacientes com fatores de risco, como neutropenia e imunossupressão, têm maior propensão à aspergilose invasiva pulmonar (IPA). Além desses fatores clássicos, novos riscos, como infecções respiratórias prévias, COVID-19 e condições críticas em UTIs, estão emergindo. Há uma lista de espécies patogênicas em Aspergillus, como A. flavus, A. terreus, A. niger e A. nidulans, que estão em ascensão. Contudo, A. fumigatus destaca-se como o fungo mais comumente isolado em infecções humanas. A compreensão dos dados epidemiológicos locais e a exploração da diversidade interespecífica e intraespecífica são cruciais para orientar abordagens clínicas, dada a falta de um teste único para diagnóstico. Nesse contexto, a tipagem molecular destaca-se como um método essencial para aprimorar o controle de infecções. Assim, este trabalho foi desenvolvido com o propósito de avaliar a técnica de AFLP (do inglês Amplified Fragment Length Polymorphism) como uma ferramenta epidemiológica de tipagem molecular. O objetivo é explorar a diversidade genética e a estrutura populacional dos agentes da aspergilose humana, comparando essa técnica com outros métodos, como sequenciamento e microssatélites. Para otimizar custos e tempo, aplicou-se a técnica AFLP in silico para prever os fragmentos gerados, permitindo a escolha de combinações nucleotídicas mais eficientes na diferenciação dos isolados por espécie. Seis combinações destacaram-se nos estudos in silico, sendo padronizadas in vitro, e três foram selecionadas para prosseguir no estudo com 87 isolados de Aspergillus de diferentes regiões geográficas. De maneira geral, a pesquisa introduziu três marcadores inéditos que se revelaram eficazes na distinção entre os isolados de Aspergillus por seção, além de evidenciarem exploração das estruturas genéticas, tanto em níveis mais abrangentes quanto em níveis mais detalhados. Adicionalmente, comparou-se os resultados obtidos pelo AFLP com os marcadores microssatélites, utilizando um conjunto de nove marcadores STRAf. A forte correlação entre os resultados dos dois ensaios confirma a consistência e confiabilidade das abordagens utilizadas. Importante ressaltar que, apesar de o AFLP e o STRAf apresentarem características distintas e vantagens específicas, ambos demonstraram ser excelentes para a avaliação das relações entre as cepas de Aspergillus.
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    Análise da Diversidade Genética em Agentes da Esporotricose Usando Marcadores Aflp (Amplified Fragment Length Polymorphism)
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2020-03-10) Carvalho, Jamile Ambrosio De [UNIFESP]; Camargo, Zoilo Pires De [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo
    Sporothrix is a thermodimorphic fungus found in the environment which causes sporotrichosis, a subcutaneous mycosis that can be transmitted to humans directly from contaminated soil or plants through traumatic inoculum from fungal propagules or through bites and scratches from contaminated cats. The genus is divided into two clades, a clinical clade represented by S. brasiliensis, S. schenckii, S. globosa, and S. luriei, and an environmental clade represented by species rarely described as human pathogens. Considering the ongoing epidemic occurring in Brazil, mostly caused by S. brasiliensis, it is necessary to use techniques to explore diversity within the species. The existing techniques for this type of study have high costs, we aimed to standardize the AFLP technique for application in Sporothrix. AFLP is based on genomic DNA digestion using one or more restriction enzymes and selective amplification of the fragments generated using selective molecular primers with the addition of one or more nucleotides to the 3' region of these primers. The technique has been used for several microorganisms and has advantages as not requiring the knowledge of the sequence of isolates. To reduce costs and time, firstly, an in silico AFLP was performed to predict the fragments that would be generated and thus to choose the nucleotide combinations that presented more efficiency to separate the isolates by species. For this, we use two softwares: AFLPinSilico and ISIF. The two softwares were compatible with each other and both revealed six combinations that showed good results for studies in Sporothrix. These combinations were tested in vitro and all obtained good results, but only three were selected to continue the study with 188 isolates of Sporothrix from different geographic regions. In general, the study presented three new markers that demonstrated efficiency in separating Sporothrix by species and accessing the intraspecific diversity in the species of the clinical clade, clarifying questions of the expansion of S. brasiliensis.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Caracterização genotípica e análise da diversidade genética em agentes da paracoccidioidomicose
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2015-06-30) Roberto, Thiago Nunes [UNIFESP]; Camargo, Zoilo Pires de [UNIFESP]; Rodrigues, Anderson Messias [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4150370898980718; http://lattes.cnpq.br/0632912481397728; http://lattes.cnpq.br/4906645347015121; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    A paracoccidioidomicose (PCM) é uma infecção fúngica sistêmica causada por fungos termo-dimórficos pertencentes ao gênero Paracoccidioides e com grande prevalência na América Latina. O agente etiológico da PCM é formado por um complexo de diferentes espécies crípticas que, por sua vez, dividem-se em duas espécies distintas: P. brasiliensis (com três espécies crípticas ? S1, PS2 e PS3) e P.lutzii. Contudo, estudos morfológicos de diferentes isolados revelaram que entre os diferentes grupos genéticos não há uma variação significativa no formato das células, ou seja, essa ferramenta não é suficiente para discriminar as espécies crípticas. Assim sendo, objetivamos genotipar e analisar a diversidade genética de diferentes isolados de Paracoccidioides spp. por meio de novas técnicas moleculares. Neste estudo, 165 isolados clínicos e ambientais oriundos de diferentes regiões geográficas foram genotipados por TUB1-RFLP. Após a padronização do experimento in vitro, observamos que dentre o total de cepas analisadas, 56% (92) obteve o perfil de restrição para a espécie críptica S1; 13% (22) obtiveram o perfil para a espécie PS2; 9% (14) apresentaram o perfil de digestão para a espécie PS3 e 22% (37) dos isolados foram genotipados como pertencentes à espécie P. lutzii. Além disso, os experimentos de AFLP in vitro revelaram variabilidade genética entre os mesmos isolados caracterizados por TUB1-RFLP, apesar disso, observamos uma correlação entre os diferentes grupos genéticos, isto é, diferentes clados foram formados e os isolados foram agrupados de acordo com as suas respectivas espécies filogenéticas (corroborando os resultados da genotipagem). Ainda, verificamos principalmente que a espécie S1 é a mais dispersa entre os países da América Latina; a espécie críptica PS3 é formada em sua maioria por isolados da Colômbia, contudo, há isolados provenintes do Brasil, Venezuela e Uruguai; e a espécie P. lutzii é econtrada, principalmente, na região centro-oeste do Brasil. Em geral, nosso estudo apresentou duas distintas ferramentas moleculares com capacidade de caracterizar os isolados de Paracoccidioides spp., que servirão de subsídios para novas pesquisas para o conhecimento da doença.