Arranjos de polimorfismos de ncleotídeo Único (SNPa) e sequenciamento de nova geração (NGS) na avaliação e detecção de anormalidades genético-moleculares na leucemia mieloide aguda (LMA)
Data
2017-10-04
Autores
Noronha, Thiago Rodrigo de 
Orientadores
Chauffaille, Maria de Lourdes Lopes Ferrari
Tipo
Tese de doutorado
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Resumo
Introduction: Acute myeloid leukemia (AML) is the most frequent leukemia in adults and results from somatic genetic lesions on hematopoietic progenitor cells that modify the normal life cycle of cells. The karyotype identifies alterations that support diagnosis, prognosis, treatment option and disease monitoring. However, some cases are normal. Hence, the incorporation of new tests becomes necessary to contemplate all of the genetic alterations. Single nucleotide polymorphism array (SNPa) method, also referred to as molecular karyotyping, is a sensitive technology used to perform high-resolution genome-wide DNA copy number analysis and to detect segmental regions of homozygosity, known as uniparental disomy. Next generation sequencing (NGS) is a methodology that allows simultaneous sequencing of several genes related to the disease. Objectives: Investigate the genetic alterations in patients with AML, at the diagnosis, using the SNPa and NGS methods, in order to evaluate the diagnostic gain of applying these technologies to the clinical routine analysis. Material and methods: Bone marrow samples from 49 cases of AML patients, at diagnosis, were evaluated by karyotype, SNPa and NGS. Results: Karyotype: 15 changed, 20 normal and 14 without metaphase. SNPa: 26 changed and 23 normal. NGS: 37 changed and 12 without detected mutations. The most frequent mutations were in the genes DNMT3A, IDH2, NRAS, FLT3-ITD, TET2, NPM1 e IDH1. Eighteen patients had the prognosis modified, four to favorable and fourteen to poor. Seventeen patients had an unknown or inconclusive integrated prognosis. Conclusion: The SNPa and NGS allowed amplify the detection of genetic alterations in AML in relation to the habitual methods. In summary, these results sustain the use of SNPa and NGS as important tools for AML patients, since offers insights into the molecular pathogenesis, indicating that the prognosis could be further stratified by different mutation combinations. All patients could be reclassified based on genomic status and eighteen had their prognosis modified.
Introdução: A leucemia mieloide aguda (LMA) é a leucemia mais frequente em adultos e resulta de lesões genéticas somáticas nas células progenitoras hematopoéticas que alteram seu ciclo de vida normal. O cariótipo identifica alterações que auxiliam o diagnóstico, prognóstico, escolha do tratamento e o monitoramento da doença. Contudo, alguns casos são normais. Daí a incorporação de novos exames torna-se necessária para contemplar as diversas alterações genéticas. Arranjos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPa) é um método genômico que avalia todos os cromossomos simultaneamente, detecta perdas e ganhos de material genético, além de dissomia uniparental. Sequenciamento de nova geração (NGS) é uma metodologia que permite sequenciar simultaneamente diversos genes relacionados com a doença. Objetivos: Investigar as alterações genéticas em pacientes com LMA, ao diagnóstico, utilizando as técnicas de SNPa e NGS, com o objetivo de avaliar o ganho de informações ao aplicar diferentes técnicas à mesma amostra. Material e métodos: Amostras de medula óssea de 49 casos de LMA, ao diagnóstico, foram avaliadas por cariótipo, SNPa e NGS. Resultados: Cariótipo: 15 alterados, 20 normais e 14 sem metáfase. SNPa: 26 alterados e 23 normais. NGS: 37 alterados e 12 sem mutações detectadas. As mutações mais frequentes foram nos genes DNMT3A, IDH2, NRAS, FLT3-ITD, TET2, NPM1 e IDH1. Dezoito pacientes tiverem o prognóstico modificado, quatro para favorável e catorze para desfavorável. Dezessete pacientes tiveram o prognóstico integrado desconhecido ou inconclusivo. Conclusão: O SNPa e NGS permitiu ampliar a detecção de alterações genéticas em LMA em relação ao cariótipo. O resultado desse estudo sustenta o uso do SNPa e NGS como ferramentas importantes para pacientes com LMA, uma vez que oferecem informações sobre a patogênese citogenética e molecular, indicando que o prognóstico pode ser estratificado por diferentes alterações citogenéticas e combinações de mutações. Todos dos pacientes puderam ser geneticamente classificados e dezoito tiveram o prognóstico modificado.
Introdução: A leucemia mieloide aguda (LMA) é a leucemia mais frequente em adultos e resulta de lesões genéticas somáticas nas células progenitoras hematopoéticas que alteram seu ciclo de vida normal. O cariótipo identifica alterações que auxiliam o diagnóstico, prognóstico, escolha do tratamento e o monitoramento da doença. Contudo, alguns casos são normais. Daí a incorporação de novos exames torna-se necessária para contemplar as diversas alterações genéticas. Arranjos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPa) é um método genômico que avalia todos os cromossomos simultaneamente, detecta perdas e ganhos de material genético, além de dissomia uniparental. Sequenciamento de nova geração (NGS) é uma metodologia que permite sequenciar simultaneamente diversos genes relacionados com a doença. Objetivos: Investigar as alterações genéticas em pacientes com LMA, ao diagnóstico, utilizando as técnicas de SNPa e NGS, com o objetivo de avaliar o ganho de informações ao aplicar diferentes técnicas à mesma amostra. Material e métodos: Amostras de medula óssea de 49 casos de LMA, ao diagnóstico, foram avaliadas por cariótipo, SNPa e NGS. Resultados: Cariótipo: 15 alterados, 20 normais e 14 sem metáfase. SNPa: 26 alterados e 23 normais. NGS: 37 alterados e 12 sem mutações detectadas. As mutações mais frequentes foram nos genes DNMT3A, IDH2, NRAS, FLT3-ITD, TET2, NPM1 e IDH1. Dezoito pacientes tiverem o prognóstico modificado, quatro para favorável e catorze para desfavorável. Dezessete pacientes tiveram o prognóstico integrado desconhecido ou inconclusivo. Conclusão: O SNPa e NGS permitiu ampliar a detecção de alterações genéticas em LMA em relação ao cariótipo. O resultado desse estudo sustenta o uso do SNPa e NGS como ferramentas importantes para pacientes com LMA, uma vez que oferecem informações sobre a patogênese citogenética e molecular, indicando que o prognóstico pode ser estratificado por diferentes alterações citogenéticas e combinações de mutações. Todos dos pacientes puderam ser geneticamente classificados e dezoito tiveram o prognóstico modificado.