Navegando por Palavras-chave "Biologia Computacional"

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    Algoritmo para Predição de Seleção de Resistência Aos Inibidores de Ns5a do Vírus da Hepatite C
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2020-12-14) Almeida, Douglas De Andrade De [UNIFESP]; Janini, Luiz Mario Ramos [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo
    Summary Objective: To develop an algorithm that, based on the genetic sequence of the HCV infecting virus, can estimate which are the best therapeutic treatments with the least probability of resistance selection for NS5A inhibitors. Method: A phased algorithm was created to select attributes relevant to the study and further development of a machine learning model. The attributes used in this algorithm are the population frequency of the resistance codons, the HCV codon usage and the genetic barrier between the patient's codons and the resistance codons. Results: It was possible to cross-check information from the patient's infectious virus, with information from the medical literature to structure a database with predictive variables and a response variable related to the presence or absence of drug resistance. The model was able to predict with an AUC> 0.99 which characteristics of the virus cause resistance in certain drugs. Conclusion: Codon Usage parameters, population prevalence of codons and genetic barrier, proved to be good predictors of resistance. However, the limitation of the data source implies the possibility of overfitting, which can only be discarded and / or corrected with further studies in the area using similar methodology.
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    Avaliacao de Programas de Genomica desenvolvidos no Brasil
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2011) Gamba, Estevao Andre Cabestre [UNIFESP]
    A presente dissertacao tem como objetivo avaliar o impacto dos projetos Genoma Xylella fastidiosa (Simpson et al, 2000) e Xanthomonas citri (Silva et al, 2002) financiados pela FAPESP e Chromobacterium violaceum (Brazilian National Project Consortium, 2003)fomentado pelo Ministerio da Ciência e Tecnologia na area de Biologia Molecular, tendo como corte temporal o periodo compreendido entre 1996 e 2007. Parte-se da hipotese de que os Programas de Genomica estudados fortaleceram a area de Biologia Molecular no Estado de São Paulo e no Brasil. Para tal, o desenho metodologico contemplou duas direcoes: 1) descricao quantitativa da producao cientifica (Artigos indexados nas Bases ISI e SCOPUS) e tecnologica (Pedidos de registro de patentes junto ao escritorio norte-americano de patentes - USPTO) brasileiras e do Estado de Sao Paulo na area de Biologia Molecular quando comparada aos paises desenvolvidos e em desenvolvimento, considerando como corte temporal o periodo compreendido entre 1997 e 2010 e 2) analise quanti-qualitativa do impacto dos projetos nas trajetorias tecnocientificas dos pesquisadores envolvidos, integrando dados sobre nivel de formacao, insercao no sistema de fomento (bolsas de produtividade e/ou tecnologicas) e aspectos qualitativos acerca dos beneficios, obstaculos, desafios. Os resultados indicam que, posteriormente a 1997, o Brasil, quando comparado aos paises em desenvolvimento, apresenta importante crescimento da producao cientifica em Biologia Molecular, com destaque para o Estado de Sao Paulo, bem como um descompasso entre tal crescimento e a inovacao, posto que o numero de pedidos de patentes ainda e inferior ao esperado. A analise de aspectos dos Curriculos Lattes e entrevistas com pesquisadores envolvidos indica dificuldades na continuidade dos projetos de pesquisa na area, apesar do reconhecimento da importancia dos programas para as trajetorias tecnocientificas, aquisicao de equipamentos e formacao de subareas entao inexistentes como a BioInformática. Considerando o cenario atual (2009-2010), marcado por mudancas na percepcao publica sobre os programas de Genomica e no reconhecimento do exito dos programas em revistas internacionais como no recente Editorial da Nature, o olhar retrospectivo efetuado ao longo desta dissertacao (1996-2007) lanca luz sobre a demanda de um olhar prospectivo a ser objeto de novas pesquisas
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    Acesso aberto (Open Access)
    Clonagem, expressao da heparanase-1 humana e desenvolvimento de novo metodo para determinacao da atividade enzimatica
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2013) Melo, Carina Mucciolo [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/7511274763693292; http://lattes.cnpq.br/1814847465463146
    Heparanase e uma endo-β-glucuronidase que possui duas isoformas: a heparanase-1 (HPSE) e a heparanase-2 (HPSE2). A HPSE tem atividade catalitica, ja a HPSE2 tem somente a funcao de regulacao. A HPSE, apos traducao tem 65 kDa na sua forma latente, sofre processamento proteolitico formando tres fragmentos, um de 50 kDa, e outros dois de 8 kDa e 6 kDa. Em mamiferos, a HPSE torna-se ativa apos a formacao de um heterodimero com os residuos de 50 kDa e 8 kDa. A superexpressao da HPSE ja foi descrita em processos inflamatorios e em carcinomas humanos com baixa taxa de sobrevida dos pacientes. Com a enzima recombinante ativa sera possivel investigar a HPSE, o que podera contribuir com o entendimento dos processos celulares que relacionam a expressao da HPSE com o desenvolvimento de tumores e processos inflamatorios. Pelos motivos apresentados, os objetivos do presente estudo foram clonagem, expressao da HPSE recombinante e desenvolvimento de novo metodo para determinacao da atividade enzimatica da HPSE. O cDNA da HPSE foi obtido de linhagem celular de cancer de mama (MCF-7). Apos sequenciamento, o fragmento de cDNA referente a fracao ativa da HPSE (50 kDa) foi clonado no vetor de expressao pGEX-2TK e transformado em E.coli BL21(DE3). A cultura de bacterias com vetor plasmidial recombinante, foi adicionado oÆisopropil-β-D-1-tiolgalactopiranosideo para inducao da expressao da HPSE recombinante. Apos lise celular do extrato bruto de bacterias, foi feita purificacao com coluna de cromatografia por afinidade. Foi realizado ensaio de atividade usando heparam sulfato biotinilado com a amostra da HPSE recombinante purificada e como controle foi utilizado extrato celular de cancer de mama metastatico (SKBR3). Verificou-se que a HPSE recombinante e ativa, porem a HPSE recombinante parece clivar menor quantidade de heparam sulfato quando comparado ao extrato celular de SKBR3, isso se deve provavelmente, a nao formacao do heterodimero na HPSE recombinante. Foi observado que o metodo de heparam biotinilado sofria interferencias quando usado com extrato bruto de bacterias. Portanto, foi desenvolvido um novo metodo de atividade enzimatica para determinacao da atividade da HPSE em extrato bruto de bacterias e nao so na amostra ja purificada. O novo metodo proposto e baseado no aumento de fluorescencia do reagente resazurin a 590 nm quando reduzido pela hidroxila anomerica do substrato fondaparinux. A hidroxila anomerica e gerada somente apos diGestão do substrato com a HPSE ativa. Este metodo mostrou-se sensivel a diferentes atividades enzimaticas da HPSE e a fluorescencia do reagente resazurin foi diretamente proporcional a quantidade de hidroxilas redutoras geradas pela atividade catalitica da HPSE. Comite de etica em pesquisa da Universidade Federal de São Paulo: 724462
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    Desenho De Novos Peptídeos Catiônicos A Partir Do Sensor De Voltagem De Canais Iônicos
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2018-05-24) Lima, Estevao Carlos [UNIFESP]; Miranda Filho, Manoel De Arcisio [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Objective: Design Of Novel Cationic Peptides Through The Analysis Of Ion Channel Voltage Sensor Region And Analysis Of Their Bioactivity In Respect Of Anticancer And Antibacterial Activities. Methods: The Amino Acid Sequence Of 104 Ion Channels Of Nav, Cav And Kv Families Were Multialigned So That The S4 Region Could Be Identified. Based On The Distribution Frequency Of This Residues, Three Peptides Were Designed And Their Secondary Structure Was Evaluated By Circular Dichroism Technique With The Use Of Large Unilamelar Vesicles (Luvs). This Luvs Had The Biomimetic Characteristics Of: Mammal Cells [Popc:Col (70:30 Mol%)]; Tumoral Cell [Popc:Col:Pops(50:30:20)]; And Bacterial Strains [Popc:Popg (50:50)]. Anticancer Activity Was Measured By The Mtt Reduction Assay Using Tumoral (Hela; Du 145; Mcf 7) And Non Tumoral (Nih 3t3) Cell Lines Incubated With The Peptides Over A Concentration Range. The Antibacterial Activity Was Measured By An Optical Density Analysis Using Gram Negative And Gram Positive Strains. The
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    Acesso aberto (Open Access)
    Desenvolvimento de um ambiente virtual de bioinformática capaz de analisar sequências do vírus da hepatite C, identificar genótipo, subtipo e mutações associadas à resistência de inibidores de protease.
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2013) Pereira, Anderson Alvarenga [UNIFESP]; Mello, Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/7267507565320007; http://lattes.cnpq.br/2529547420081379; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    O uso de antivirais de acao direta para o virus da Hepatite C tem mostrado que os Inibidores de Protease sao uma estrategia eficaz para o tratamento de pacientes portadores de virus do genotipo 1. Uma ferramenta de bioInformática capaz de identificar o genotipo, subtipo e mutacoes associadas a resistencia a esta classe de antivirais e de extrema importancia para a melhor administracao destes antivirais e monitoramento dos pacientes que possuem indicacao deste tipo tratamento. Este trabalho tem como objetivo o desenvolvimento de um ambiente virtual de bioInformática, propondo inferir, em larga escala, o genotipo e subtipo viral e se este virus e portador de mutacoes associadas a resistencia de Inibidores de Protease. A identificacao dos genotipos e subtipos e feita atraves de similaridade com um banco de referencia, utilizando a ferramenta BLAST. A busca da presenca de mutacoes associadas com resistencia no genoma viral e feita atraves do alinhamento entre a sequencia a ser analisada com a sequencia de referencia H77 do Virus da Hepatite C. Apresenta-se, ainda um pipeline de submissao de dados com interface amigavel onde e possivel submeter dados binarios (cromatogramas) e textos (fasta). O resultado final e um laudo de resistencia genotipica para os Inibidores de Protease contendo o genotipo e subtipo viral e a presenca ou ausencia de mutacoes associadas com a resistencia aos inibidores de protease e com seus niveis de resistencia determinados
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    Acesso aberto (Open Access)
    Modelagem matemática e computacional do gargalo de transmissão durante o estabelecimento da infecção pelo HIV
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2019-08-29) Furuyama, Taima Naomi [UNIFESP]; Janini, Luiz Mario Ramos [UNIFESP]; Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4503426222486154; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/7671794041127239; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Objective: To develop a computational tool that simulates the initial moments of HIV infection in a single host and the viral inoculum development in several hosts. Considering viral rep lication as the most i mpor tant factor, and from a phenotypical analysis, it will be possible to evaluate the viral transmission events and the establishment of the transmitted infections Methods: An in silico model was developed to analyze the t ransmissio n moment and the viral par ticles quality, under a phenotypical approach . The model assigns a quality factor to viral particles, the replication class. This class determines how many viral particles an initial particle can generate, as a progeny, after a re plication cycle. The p roge ny can suffer interferences, like the occurrence of deleterious effects (caused by deleterious mutations, for example) on the viral particles. The probabilities of occurrence for deleterious, neutral or beneficial effect s characte rize the stochastic na ture of the phenotypical model, altering the progeny distribution on the replication classes during viral replication cycles. After the formation and distribution o f viral progenies inside a host, a genetic transmission bott leneck is then generated. This b ottl eneck is represented by an algorithm responsible for simulating the transmission of viral particles to a new host. In this work, it was defined that only 5 vira l particles would be transmitted to a new host, as the genet ic transmi ssion bottleneck. Resu lts: Eight different scenarios were simulated, each one being simulated a thousand times, so that a statistically robust data set could be obtained, resulting in 8 thousand simulations in total. Each scenery simulated 101 pa tients bei ng infected in a linea r ch ain sequence, and each patient had 45 cycles of viral replication, the equivalent to about 100 days of viral evolution. The results show that the higher the fre quency of early transmissions (less cycles of viral replicat ion), the greater the chance of a pe rsistent infection over time. In cases of late transmissions, the viral particles cannot maintain the epidemic. The infections do occur, but the viral inoculum, carrying effects from the suffered mutations, is not capabl e of promo ting a lasting infecti on i n a new host. Therefore, chances of new, successful infections, are lower over transmissions among host that in their late moments of transmission. Conclusion: The HIV transmission moment is a key factor in maintaining t he epidemi c. The model proposed here shows that transmission occurred in the first ~10 days of infection presents higher probabilities of promoting an infection with better transmitter founder vir al particles.